魔法作为技术被确立约一个世纪后的二〇九五年四月。
培育魔法师的国立魔法大学附属第一高中，通称“魔法科高中”，兄妹二人入学。
一个是作为魔法师有着致命缺陷的劣等生哥哥达也。
另一位是被誉为完美无缺魔法师的优等生妹妹深雪。
两人关系亲密，有时甚至被误认为是恋人，但就在几年前，两人的关系还像女主人和佣人一样冷淡。
这种关系发生变化的背景是一件事。
三年前的冲绳。
由于深雪无法忘记的事情，两人的心和命运都发生了巨大的变化。
系列累计销量突破2000万部的校园魔法树的起始故事“追忆篇”拉开了序幕。
