在与欧佩乌斯·欧德斯的战斗后，升上高中二年级的凯特，为了取回谜题老师真方阵失去的记忆，来到了英国。
凯特一行人来到小时候与金相遇的教堂。在那里出现了一个少女，说着“好想见你”跑到琴的身边。“雷切尔”，金呼唤少女的名字。两人认识吗？……但是！那个雷切尔，突然，向凯特等人挑战谜题战斗！
与此同时，在√学园里，盖蒙等人被自称恩尼格玛的男人设下了谜题……。
不只是凯特和伙伴们，连卢克和弗瑞塞尔也卷入其中，展开了三次赌上性命的谜题战斗。雷采尔和恩尼格玛的目的是什么？凯特究竟能否揭开沉睡在真方阵记忆中的“five brain”与“神之谜题”的真相”呢？?
